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E' indubbio che anche la sola presenza dell'uomo in un ecosistema che, per legge naturale, non lo preveda ne alteri gli equilibri essenziali.

La fauna è stata la prima a subirne le conseguenze: i casi più noti sono quelli delle stragi indiscriminate di balene e foche. Bisogna ricordare, inoltre, che l'uomo ha introdotto volontariamente ed accidentalmente nuove specie nel continente   (essenzialmente nelle isole subantartiche ): cani, topi, conigli, gatti, e renne che hanno ridotto od eliminato altre specie animali e mutato la distribuzione di alcuni vegetali.

Tra i problemi attualmente più gravi sono da considerare lo smaltimento dei rifiuti attorno alle basi, l'inquinamento acustico ( provocato dai vari mezzi di trasporto ), quello da petrolio e gli eventuali pericoli correlati all'impiego di energia nucleare    ( rompighiaccio, sottomarini ).

Negli anni sessanta, soprattutto da parte di alcuni Stati ( U.R.S.S., D.D.R., Polonia e Giappone ) vi è stato un indiscriminato sfruttamento del patrimonio ittico   (ice-fish e krill ), che ha rischiato di alterare la delicata catena alimentare antartica.

Con l'acronimo di BIOMASS ( marine Antartic Systems and Stocks ) viene indicato un programma che ha coinvolto dieci nazioni, avente l'obiettivo di salvaguardare l'ecosistema marino antartico, risorsa nutrizionale potenzialmente assai importante. Detto studio si è, a tutt'oggi, sviluppato in tre fasi ( FIBEX; SIBEX I e II ) con l'ausilio di navi laboratorio. I vari aspetti della ricerca vengono elaborati presso il Biomass date Centre di Cambridge.